En 1779, Pedro Nicolás Escribano, fiel a la fe católica, decide fundar el Fuerte San Juan Bautista bajo protección de San Juan Bautista y la Virgen de la Merced. Construyendo precariamente una iglesia de adobe y paja a un lado de la Plaza Mayor que sirvió de templo hasta principios del siglo XIX, cuando quedó destruida.

En 1831, un grupo de vecinos decide crear una verdadera y grande iglesia en el lugar donde se emplazaba el camposanto y se dedicaron a recaudar fondos para materiales, encomendándole al Ingeniero español Felipe Senillosa los bosquejos de los primeros planos de la edificación.

En la navidad de 1832 se puso la piedra fundamental y quince años más tarde  en 1847 la iglesia fue consagrada. 

Su estilo es neo colonial, con un frontis sostenido por columnas toscanas y en su atrio se encuentran enterrados los sacerdotes Julián Quintana y José Arribillaga. 

Actualmente, la Catedral Ntra. Sra. De la Merced es la sede episcopal de la diócesis erigida dentro de la provincia de Buenos Aires.